martes, 14 de noviembre de 2023
Una nueva sorpresa más!!
martes, 25 de octubre de 2022
¡¡¡¡ Nuestro primer artículo científico. El volumen XI del HSSASR !!!!
Ahí tenemos nuestra primera publicación científica. En recursos tenemos subido el volumen completo donde podemos ver la calidad de todos los trabajos que se expusieron en el pasado congreso (acceder desde aquí).
En fin, algo importante a añadir en nuestro cv. Y sí, sé lo que me digo.
Chicas, una de las metas más importantes de cuando nos embarcamos en esto se ha conseguido.
Enhorabuenísima.
Nuestra publicación tendremos que referirla de esta manera:
Romero-Rodríguez C., Pérez-Gil EX, Cabrerizo D., Fernández JJ, Martínez-Abarca F. (2022) “Identifying novel retrons by bioinformatic analysis” in “High School Students for Agricultural Science Research vol. 11. Editores: Alché JD, et al. Estación Experimental del Zaidín - CSIC (Granada). pp: 3-16. ISSN: 2340-9746.
Lo conseguimos!!!!
Hip, hip, Hurra!!!!!
lunes, 4 de julio de 2022
Conseguimos el gran Objetivo!!!!!
Y llegó el día que creíamos que nunca iba a llegar. … Ya hemos cerrado nuestra publicación:
Tan pronto como se vayan completando los demás artículos saldrá el Volumen 11 de la revista HSSASR. Y la subiremos a Recursos de este blog.
Ya tenemos nuestra primera publicación que podremos usar en nuestro:
Curriculum vitae
Si os fijáis, la publicación tiene toda la estructura de los trabajos que hemos usado para componer nuestro mensaje:
“Identifying novel retrons by bioinformatic analysis”
De vuestros comentarios en la sección de “My own ideas” se desprende que debéis de ser: los alumnos de secundaria que más saben de retrones del mundo mundial.
Y como comenta Celia, es más que probable que tenga un impacto en vuestro futuro:
“… . Además, durante el transcurso de este proyecto hemos podido observar de primera mano cómo es realizar un trabajo de investigación, cosa que nos será útil para cuando necesitemos hacer un trabajo final de grado en la universidad. Por todo esto me alegro mucho de haber podido participar en este proyecto.”
Y es que ha sido una experiencia única, experiencia que quizás depare nuevas sorpresas…
Todavía no es tiempo de cerrar nuestro Blog.
Ahora nos queda descansar y pasar unas más que merecidas vacaciones…
lunes, 13 de junio de 2022
Ya estamos en Junio!!!!!
Hola chicas (el resto tb),
Recientemente se han subido a youtube, enlaces a las distintas presentaciones del pasado congreso. Enlace: https://www.youtube.com/playlist?list=PL-UnAc22pa-jXGdkGZ7FsLqOZ1AWlbdMK
Y podemos escuchar lo bien que lo hicimos, y a los demás grupos tb. Incluyendo la charla final del Dr Enrique Cerdá.
Que ya estamos en Junio!!! Y todavía nos queda “la puntilla”, nuestra publicación:
Y como podeis ver en la portada, su título coincide y mucho con lo que ya hemos hecho: nuestra presentación y nuestro poster…
Y es que nos queda terminar el manuscrito. Hace ya unos días os envie un primer borrador para que fueramos rellenándolo … y en particular me interesa que vayamos pensando en el apartado:
“my own ideas” … .
En recursos y mirando trabajos de años anteriores podeis obtener las ideas. Aunque al final todo nos quede en ingles si os resulta más fácil lo podeis escribir tb en español, vosotras mismas…
Además, comentaros que Ya estamos inscritos en Ciencia en Acción 2022
Presentamos nuestra comunicación con el siguiente título:
“Estudiando el DNA, descubriendo nuevos sistemas de defensa en las bacterias: los retrones”.
Estemos al tanto. La resolución del jurado será para Julio… .
Crucemos los dedos!!!!
Y manos a la obra!!!! Un último esfuerzo.
jueves, 12 de mayo de 2022
Vaya Congreso!!!!
El pasado Jueves 5 de Mayo fijará un antes y un después en el devenir de este fantástico proyecto. Qué bien que vuestros padres se animaran a venir, conocer nuestro centro y os dieran la oportunidad de que presentarais los resultados de nuestro proyecto en el salón de Actos de la EEZ.
Imagen 2: Aspecto del comienzo del congreso. Preside la mesa el Dr. Alfonso Clemente, actual director de la EEZ-CSIC.
Y es que fue un dia memorable.
Imágenes 3-5: Varias momentos en el congreso y la visita de las protagonistas a la EEZ.
Todos los proyectos fueron chulos, pero el nuestro el mejor, jajajajaja. Tanto Emma como Celia estuvieron fantásticas y lo mejor sus respuestas a dos investigadores del centro
Imagen 6. Momento de la exposición de Emma y Celia en el Congreso.
En breve se editarán las presentaciones y podremos analizarlas y apreciar como estuvieron (se subirán a la web de la EEZ.
Y es que fue un fin de semana memorable.
La foto de todos los participantes al congreso.
Hasta hubo “Bartolillos” para acabar la jornada.
Un fin de semana inolvidable.
Hip, hip, hurra!!!!
Pero intuyo que habrá nuevos momentos memorables en este proyecto… .
Ya veréis!!!!
martes, 19 de abril de 2022
Terminando tareas en paralelo…
Y es que el estudio de los retrones, es un punto caliente en la investigación en Microbiología en la actualidad. Y es cierto que el estudio de muchos de estos sistemas ha terminado dando lugar a herramientas muy poderosas en la Biotecnología y Biomedicina actuales (la posibilidad de trabajar con el DNA recombinante, la tecnología CRISPR, etc…).
Y como debe de quedar claro en nuestra exposición, el estudio sobre retrones arrojará luz a uno de los sistemas de defensa frente a fagos más desconocidos hasta ahora, los sistemas Abortivos (Abi). Las células de alguna manera sensan la presencia de virus y disparan todo un proceso de muerte celular que evita su replicación y la posterior infección de toda la población.
Este es el contexto en el que nos planteábamos nuestro objetivo.
Objetivo que hemos cumplido con creces y que nos permite obtener 4 conclusiones desde mi punto de vista bastante importantes:
Y por supuesto, esta presentación influye en el manuscrito que llevaremos a la Revista HSSASR. En nuestro poster que elaboraremos para el receso del congreso y vuestro trabajo para exponerlo a vuestro instituto.
A que sí!!!!
lunes, 11 de abril de 2022
Ya tenemos un primer título para nuestro trabajo
El pasado Viernes 08 de Abril, se tomaron decisiones importantes.
Tras comprobar y definir en detalle una nueva estructura, la del retrón correspondiente a la secuencia 1337, quedó claro que entendemos cómo se forman y porqué se propone esta estructura.
Imagen 1: Momentos de la sesión del pasado Viernes donde se aprecia el trabajo hecho por las alumnas. Han reconstruido la estructura probable del retron 1337 denominado msDNA-Pa95.
Este dibujo, resume y detalla lo que hemos entendido. Cómo se generan estas moléculas y la importancia de definir la estructura secundaria /RNA folding” de una secuencia de nucleótidos donde se infieren las famosas dos Gs: G branching y G Opposing. La primera donde se une físicamente el comienzo del cDNA y la segunda donde comienza el molde de ese cDNA.
Ahora se trata de resumir y ordenar lo que hemos aprendido/descubierto y preparar la exposición que seguro se nos dará bien.
Por el momento ya practicamos un poco lo que va a ser el próximo 5 de Mayo observando la presentación del año pasado.
Imagen 2: El video de la presentación del pasado año: que se encuentra en el blog “El DNA 4 letras muy informativas”. https://www.youtube.com/watch?v=l80QV4JLDyQ.
Y que es lo que hemos hecho?? Y por tanto que título le podemos poner de manera inicial a nuestro trabajo y en concreto para la presentación del próximo 5 de Mayo.
Creemos que el título:
“Identifying novel retrons by bioinformatic analysis”.
Refleja de manera adecuada lo que hemos hecho a lo largo de estos tres meses. Que lo podemos vislumbrar simplemente echando un vistazo a nuestro Blog.
Nos queda, terminar de realizar de forma precisa la estructura de la molécula 1337 y de entender el tamaño de todos y cada uno de los msDNAs del grupo D.
Paco ha quedado en enviarnos y que discutamos el orden y el cómo de la presentación. Lo que decidamos, influirá en:
El póster que tenemos que tener realizado para entonces.
Un primer borrador del manuscrito que formará parte del 11 volumen de la revista HSSASR.
Las primeras ideas para el trabajo de 20 páginas resumen de vuestro proyecto en el Instituto para el año que viene.
Todavía nos queda dar empaque al trabajo, pero ya estamos muy cerca. Verdad!!!!!
lunes, 28 de marzo de 2022
Nuestras primeras “churri-estructuras”
En nuestra última sesión entendimos cómo contar lo que estamos haciendo. Vamos!!! Lo que hemos hecho.
Y es que, si analizamos nuestro recorrido, vemos que hemos ido
reduciendo (afinando) nuestra mirada.
Empezamos con …
1) Vamos a trabajar con “retrones”, identificarlos… Pero…
no todos, ya que hay grupos donde no hay descrito ningún ejemplo. Por tanto nos hemos centrado en un grupo nuevo muy concreto:
2) los III-A3 que se caracterizan por tener esta estructura de dos genes:
La RT y una proteína efectora la PRTase-WH.
3) Tenemos inicialmente 143 candidatos, pero … ¿¿vamos a trabajar en todos???, no. Solo en 4 grupos (A-D) semejantes entre sí pero suficientemente distintos. Grupos que nos permiten entender el grado de conservación entre los dos genes y observar que evolucionan de manera paralela: las distancias entre ellos son semejantes… (nuestras matrices…).
Y por último nos hemos metido en la tarea de describir la estructura del msDNA que se encuentra en la región intergénica de cada locus…
Tras varias comparativas nos hemos quedado con el grupo D que ejemplifica mejor la búsqueda del retrón característico del grupo III-A3.
Y, Ya tenemos nuestra primera churriestructura, la del retrón 1340 encontrado en el genoma de un aislado de la especie Pseudomonas aeruginosa.
Se trata de que al final dibujemos la estructura del retrón 1340 y le pongamos nombre!!!!
Importante ya entendemos la direccionalidad de cada una de las hebras del retrón (la direccionalidad 5’ y 3’).
Vamos que ya sí se ve nuestro final!!!!
martes, 22 de marzo de 2022
Enfrentandonos a “nuestros” retrones
Ya estamos viendo que identificar retrones no es una tarea sencilla, verdad???
• Debe existir una interacción a modo de cremallera: principio y final, a2-a1• Debe existir un cierto grado de conservación de nuestras secuencias (alrededor del 80% o superior).• Debe existir tras la cremallera a1-a2 las famosas dos Gs, generalmente desapareadas y críticas en la formación del cDNA del retrón.• El cDNA del retrón (principalmente b1 y b2) se debe de formar en una región muy estructurada (un brazo largo).
Por todo ello, a la hora de enfrentarse a la estructura del retron de un locus concreto se debe de actuar de la siguiente manera:
a. sale parecida al consenso. Lo usamos de estrategia para definir las distintas partes del retrón.b. No sale como el consenso, pues usamos los alineamientos para definir las distintas partes del retrón. Y una vez identificadas, subdividimos las distintas partes para saber si interaccionan… .
Para que todo sea más sencillo, conviene que alineemos las 7 secuencias de los retrones usando la consenso como referencia. (en el documento de texto adjunto os envio las secuencias para que las alineis). Y uséis el formato viena de la consenso para definir la estructura.
Os propongo que identifiquéis en base a esta figura todas las partes del retrón en cada locus (y lo anotéis en el clone manager).
lunes, 14 de marzo de 2022
Primeras metas. Nuestro guión/dando forma al trabajo
Otra de las cosas que se comentaron en la última reunión era que ya tenemos una primera fecha “límite:
En ella deberemos de ser capaces de contar todo nuestro trabajo en 10 min y en Inglés. En este magnífico congreso. Para ello contaremos tb con una presentación (powerpoint) que resumirá todo nuestro trabajo. Tb deberemos realizar un poster para esas fechas…
Pero…, para contar nuestro trabajo, primero debemos de ordenarlo de manera escrita. Os recomiendo que le echéis un vistazo en recursos a los trabajos previos, sobre todo al del año pasado que se titulaba: “Bioinformatic analysis of specific groups of prokaryotic reverse-transcriptases”.
Debemos de ser capaces, de momento de escribir algo parecido… Pero, este año hemos llegado más lejos… . De hecho ya podemos ir pensando en un posible título, aunque esto lo tendremos que discutir en una reunión…
Todo trabajo debe de tener:
Resumen, Introducción, Material y Métodos, Resultados, Discusión y Conclusiones. A su vez estos trabajos tienen un apartado de “my own ideas” donde tendréis que hacer una lectura más personal de lo que habéis hecho. Sabiendo además que lo que tenéis que escribir forma parte tb de vuestro “proyecto” en el Instituto para el curso que viene (40 pgs o así), podemos plantear en él también una estructura similar.
Por el momento deberéis centraros en los apartados M y Métodos y Resultados. Saber qué vamos a contar en estos apartados definirá posteriormente la Introducción. Para la Introducción tendré que ayudaros y guiaros más en detalle. Podéis ir viendo las primeras presentaciones; son la verdadera introducción de donde nos hemos metido. Estos tres apartados definirán subsiguientemente los Objetivos del trabajo que no son necesariamente iguales a los que teníamos planteados “Definiendo y estudiando ‘retrones’” pero que no andarán muy lejos. El Resumen y la Discusión se abordarán cuando estos apartados estén ya definidos y casi completos.
A modo de ejemplo y para empezar, en Mat y Meth. Debemos de explicar:
Como Material: Las secuencias con las que hemos trabajado (de donde provienen. Habrá que añadir una tabla).
Como Métodos:
-El programa clone manager. Que hace, que interpreta, como trabaja…
-los programas de busqueda, blast… creo que los hemos usado tb…
-los programas de la universidad de Viena RNA web services (RNA fold y RNAalifold).
-Si terminamos usando el varna, habrá que ponerlo tb (de momento no es seguro)
Por supuesto, en todo momento hay que tener en cuenta la bibliografía… Dos trabajos van a ser sin duda referidos:
- Simon AJ, Ellington AD, Finkelstein IJ. Retrons and their applications in genome engineering. Nucleic Acids Res. 2019. 47:11007-11019. Donde describen de una manera muy actual qué es un retron.
- Mestre MR, González-Delgado A, Gutiérrez-Rus LI, Martínez-Abarca F, Toro N. Systematic prediction of genes functionally associated with bacterial retrons and classification of the encoded tripartite systems. Nucleic Acids Res. 2020. 48:12632-12647. Donde se describe el sistema de retrones tipo III-A3 en el que hemos trabajado.
Os recomiendo de nuevo que le hagáis un buen vistazo al blog desde el principio hasta hoy y os daréis cuenta de todo el camino recorrido y será una buena manera de ver como lo resumimos y contamos!!!! Y como siempre soy todo oídos, bien por aquí, bien por el mail, bien a través de vuestro profesor Javier.
Ánimo!! Ya se vislumbra el fin de nuestro trabajazo!!!!!
Y nos vamos de fallas!!!!!
El pasado Viernes tuvimos una nueva sesión de trabajo. Confiemos en que sea ya de las últimas. De hecho se tomaron decisiones importantes.
Tras varios intentos de determinar distintas estructuras en los 4 grupos de genes correspondientes a ejemplos de sistemas III-A3 de retrones: A-D, hemos comprobado que el que mejor ejemplifica las estructuras de este grupo son los 7 representantes del grupo D:
Tabla 1: representando los locus que vamos a mostrar completos y sus microorganismos de procedencia
En resumen, tenemos que identificar para cada uno de los locus del tipo D su “retron”, Para ello debemos de hacer dos cosas:
(i) estructura en el clon manager, (para hacerlo debemos tener en cuenta el formato viena para cada locus y el consenso tb. Una vez teniendo claro el RNA estructurado que se forma debemos de deducir donde empieza y acaba el cDNA del retrón.
Figura 2: Ejemplo Anotación en el clon manager de algunas de las distintas partes del retrón (msRNA ó ncRNA, a2, a1, b2, b1, cDNA (retrón propiamente dicho).
Que mirado en esquema sería algo así:
Figura 3: Esquema lineal de las distintas partes anotadas
Que recuerda y mucho a lo publicado en el artículo ejemplo de recursos… (https://drive.google.com/file/d/1daXnOuomfPEV8rVBwfp7FAIe0seOmUZf/view).
(ii) Por otro lado y como os dije se trataría de realizar la figura de cómo queda el retrón completo y estructurado, que finalmente debemos de ponerle nombre.
Para ello, necesitamos la secuencia intergénica específica de cada locus, el formato viena estructurado (consenso) y particular. Si no coinciden tendremos que hacer caso del consenso…
Ya tenemos un norte sobre el que definir y terminar nuestro trabajo que no era otro que definir y caracterizar los retrones de los sistemas III-A3.
Ánimo, que hasta nos da tiempo a ir de fallas!!!
martes, 22 de febrero de 2022
Vaya porra de reunión!!!
El pasado lunes tuvimos una reunión…. Cómo diría… una reunión de despropósitos…
Lo que tenía que ser una “clase” aclaratoria de conceptos, resultó debido a problemas varios (de Internet pero no sólo) “todo confusión”… Todo???
No, todo no. Descubrimos lo complejo de la labor en la que andamos embarcados… Y es que los programas de plegamiento de los ácidos nucléicos (RNA-fold) no siempre aciertan… . Y es que Paco nos explicó que el plegamiento final de un ARN depende tb de interacciones con otras proteínas, presencia de iones, conocimiento de otras estructuras parecidas, etc. Sin embargo, los “algoritmos” de plegamiento de los ordenadores se basan exclusivamente en encontrar el plegamiento “energéticamente más estable” para una determinada secuencia. Y por tanto a veces hay que corregirlo…
Pero corregirlo … cómo???
Para que entendamos a lo que me refiero debemos de adentrarnos en todas las estructuras de las secuencias del grupo D. Debemos de analizar… cual es la estructura que sale con cada una de las secuencias y compararla con la estructura que muestra cuando subimos el alineamiento (examinad vuestras notas) y enviadme los pantallazos correspondientes.
Que nos sale??? Que estructura nos da la secuencia 1341?? Que nos da cuando subimos todo el alineamiento 1342-1336 ¿?. (mirad la figura 1).
Si logramos entender lo que sucede … ya estamos muy cerca de nuestro objetivo!!!
Para ello os aconsejo que miréis la nomenclatura viena de ambas secuencias… Observareis que en el caso B es fácil encontrar las Gs de nuestro retron y menos fácil (imposible) en el caso de la 1341 aislada
Esta es la base de nuestra manera de enfrentarnos al problema de corregir los plegamientos. Y entender lo que pretendemos en nuestro trabajo.
Para corregirlo es super importante que entendamos la “nomenclatura Viena”. Que no es otra que una nomenclatura que predice las interacciones de bases en una molécula de RNA a base de “.” : no interacción y paréntesis”( )” : interacción.
Figura 2: Nomenclatura Viena ejemplo.
Y usar un programa (gratuito) para visualizar de estructuras. El programa es VARNAv3-93.jar nos lo podemos descargar desde: http://varna.lri.fr/index.php?lang=en&page=downloads&css=varna
Este programa nos permite proponer una determinada interacción, aunque ésta no haya sido predicha por los algoritmos de RNAfold.
Figura 4: Visualización de estructuras con el programa VARNAv3-93
El próximo día entenderemos como manejarla… . Aunque a lo mejor ya podeis ir haciendo probatinas… .
Aunque no lo parezca estamos ya muy cerca de alcanzar nuestro objetivo…
Jo!!!! Que dura es la ciencia!!!
lunes, 14 de febrero de 2022
Ya aparecen estructuras!!!
En la última sesión (el pasado Viernes 11 Febrero), descubrimos como se puede inferir la presencia de los retrones en nuestras secuencias de Clone Manager.
Claro que para ello, tenemos que tener claro cómo se forman este tipo de estructuras (Figura 1).
Figura 1: Esquema de los distintos pasos que tienen lugar para la formación de la molécula hibrida DNA-RNA que constituye el retrón.
Paco (nuestro investigador) nos puso que analizáramos el ejemplo del Grupo D.
Figura 2: El grupo D consistía en 7 locus (1336-1342) ordenadas según la matriz comparativa elaborada por las alumnas.
El alineamiento de las zonas intergénicas de las 7 secuencias ordenado de mayor a menor resultó ser muy informativo para determinar el grado de conservación de esta zona.
Figura 3: Alineamiento de las regiones intergenicas entre los genes efector y RTs de las secuencias 1337-1342 del grupo D
Guardando este alineamiento desde el clone-manager como documento “.align” conseguimos disponer de la secuencia consenso de todos los alineamientos que nos permitirá obtener una posible estructura secundaria común a los 7 loci usando la aplicación http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAalifold.cgi .
El resultado es una estructura que recuerda y mucho a la esperada:
Figura 4: (A) la estructura consenso esperada (B) la estructura determinada para el msRNA codificante del retrón del grupo D de nuestras secuencias.
Esta estructura tiene a su vez el formato Viena; formato lineal donde se señalan las interacciones mediante códigos de paréntesis sobre la secuencia.
Figura 5: La nomenclatura Viena de nuestra secuencia es indicativa de las interacciones del RNA “escondidas” en nuestra estructura.
Esa nomenclatura nos permitirá encontrar “inicialmente las dos Guaninas (‘G’s, branching y opposing) como base primera de determinar la estructura de nuestro retrón…
Figura 6: Localización de las Gs críticas en el grupo D de secuencias.
Y claro, Paco quiere que para cada uno de los grupos seamos capaces de realizar una figura tal que así:
Que será nuestro primer paso para habiendo deducido la estructura secundaria (folding) de nuestro msRNA describir con todo detalle cada uno de nuestros retrones, que ya sabemos que son moléculas híbridas DNA-RNA.
Hip, Hip, Hurra!!!
Una nueva sorpresa más!!
Efectivamente, todavía sigue deparando nuevas sorpresas nuestro proyecto de retrones. El pasado Sábado 11 de Noviembre tuvo lugar la gala...
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