En la última sesión (el pasado Viernes 11 Febrero), descubrimos como se puede inferir la presencia de los retrones en nuestras secuencias de Clone Manager.
Claro que para ello, tenemos que tener claro cómo se forman este tipo de estructuras (Figura 1).
Figura 1: Esquema de los distintos pasos que tienen lugar para la formación de la molécula hibrida DNA-RNA que constituye el retrón.
Paco (nuestro investigador) nos puso que analizáramos el ejemplo del Grupo D.
Figura 2: El grupo D consistía en 7 locus (1336-1342) ordenadas según la matriz comparativa elaborada por las alumnas.
El alineamiento de las zonas intergénicas de las 7 secuencias ordenado de mayor a menor resultó ser muy informativo para determinar el grado de conservación de esta zona.
Figura 3: Alineamiento de las regiones intergenicas entre los genes efector y RTs de las secuencias 1337-1342 del grupo D
Guardando este alineamiento desde el clone-manager como documento “.align” conseguimos disponer de la secuencia consenso de todos los alineamientos que nos permitirá obtener una posible estructura secundaria común a los 7 loci usando la aplicación http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAalifold.cgi .
El resultado es una estructura que recuerda y mucho a la esperada:
Figura 4: (A) la estructura consenso esperada (B) la estructura determinada para el msRNA codificante del retrón del grupo D de nuestras secuencias.
Esta estructura tiene a su vez el formato Viena; formato lineal donde se señalan las interacciones mediante códigos de paréntesis sobre la secuencia.
Figura 5: La nomenclatura Viena de nuestra secuencia es indicativa de las interacciones del RNA “escondidas” en nuestra estructura.
Esa nomenclatura nos permitirá encontrar “inicialmente las dos Guaninas (‘G’s, branching y opposing) como base primera de determinar la estructura de nuestro retrón…
Figura 6: Localización de las Gs críticas en el grupo D de secuencias.
Y claro, Paco quiere que para cada uno de los grupos seamos capaces de realizar una figura tal que así:
Que será nuestro primer paso para habiendo deducido la estructura secundaria (folding) de nuestro msRNA describir con todo detalle cada uno de nuestros retrones, que ya sabemos que son moléculas híbridas DNA-RNA.
Hip, Hip, Hurra!!!
Sorprendido me quedo al descubrir el camino que va tomando esta investigación. Me llama mucho la atención las curiosas formas que tienen los msRNA de los retrones y también el híbrido msRNA-sDNA de la última foto, le veo parecido a un conejo con trompa de elefante, ¿no?.
ResponderEliminarEfectivamente, los retrones forman unas estructuras características muy identificadoras y que tienen un papel biológico en muchos casos todavía por descubrir. El diseño de la ultima imagen lo realizó Mario Rodríguez Mestre, un estudiante de doctorado del grupo actualmente en Madrid.
EliminarHemos encontrado posibles estructuras para los grupos C y D y para el grupo A y B hemos hecho subgrupos de alineamientos. Para las primeras 3 secuencias del grupo B nos sale una estructura similar a la de referencia, pero para las demás no. También hemos intentado poner individualmente en el RNAFold las secuencias del grupo A, y en la mayoría no nos sale nada que se parezca. Qué deberíamos hacer ahora?
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ResponderEliminarAunque comentas que andáis perdidas, realmente lo que habéis estado haciendo responde bien a la pregunta que os planteaba y es posible que ya tengamos las herramientas para realizar el dibujo final de “nuestros retrones”. Seguro para los grupos C y D y quizás más complicado para los A y B.
ResponderEliminarSi lo pensáis y mirais la secuencia en el clone manager y la del formato viena, veréis como podéis hacer una figura identificando las famosas "Gs" para los grupos C y D (mirad la figura 7 de la ultima entrada).