Introduciéndonos en el manejo del clone manager!!!

 El pasado Viernes comenzamos a vislumbrar en lo que va a consistir nuestro proyecto: 

“Analizar y entender la información que “esconde” una secuencia de ADN”. 

Para ello hemos aprendido que el DNA está constituido por dos hebras… esto lo hemos puesto de manifiesto con diversas herramientas del programa…

Fig. 1 Una cadena, versus dos cadenas

Fig. 2 Sentido y antisentido en toda cadena de DNA. EL ADN tiene una dirección 5’ - - - - > 3’

Explicaciones de María a la orientación del DNA "sense vs antisense" 

Fig 3. La herramienta ‘compare’

Y su diferencia con la herramienta ‘align’; La herramienta ORFsearch ….

Ufffffffff!!!! Qué rápido va nuestro investigador!!!!!  

Pero … tranquilas… tenemos todo el tiempo del mundo para practicar …. .

Tendremos nuevas sesiones donde afianzar este manejo… y poco a poco empezar con el análisis de “nuestras secuencias”…

Hip, hip hurra DNA team!!!

De nuevo sería bueno revisar los tutoriales del programa en el blog del año pasado: https://sites.google.com/view/caosdna/recursos/Recursos?authuser=0

Seguro que ahora los entendemos mejor!!!

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain

Ya nos conocemos

Hola a todos:

El pasado Jueves 11 de Noviembre tuvimos nuestro “pistoletazo de salida” del proyecto en el que nos vamos a embarcar.

En recursos he subido las dos presentaciones ( 1st day I y 1st day II) que estuvimos debatiendo. Echadles un vistazo para recordar lo que vimos.
Fue sólo una hora, pero que hora más intensa…

Ya estamos preparados para enfrentarnos al clonemanager y empezar a conocer las herramientas que vamos a usar para encontrar la información escondida en toda secuencia de DNA…
Nos queda entre otras cosas entender las preguntas planteadas…
Ya estamos en camino!!!!!

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain

Bienvenida

Estimados participantes en una nueva edición del Proyecto Bioinformático “El ADN, 4 letras muy informativas”. En esta ocasión dedicado a un grupo de lo que se han venido a llamar “Retrones”.

En primer lugar, daros la bienvenida a este nuevo proyecto “on line” en el que se plantean nuevos desafíos. Desafíos que entroncan directamente con una nueva línea de investigación que venimos desarrollando en el grupo desde hace ya unos años (Caracterización de nuevos sistemas de defensa en bacterias asociados a unos genes denominados Reverso transcriptasas; los sistemas DRT (del inglés Defense Reverse Transcriptases Systems) cuenta de Twitter: @TORO_LAB).

Al final de este proyecto deberíamos convertirnos en unos expertos en el manejo de bases de datos e interpretación de la información escondida en las letras ‘GATC’ de toda secuencia de DNA. El objetivo planteado en este proyecto, aún por definir del todo, se entronca en Proyectos de Investigación actuales llevados en el grupo y financiados por el Ministerio de Ciencia e Innovación.

Todos nuestros avances y resultados los iremos plasmando en este blog en el cual también tendremos recursos, enlaces, etc. Todo aquello que nos permita hacer de este proyecto una experiencia de la que nos sintamos muy orgullosos y de la que hagamos partícipes a todo nuestro entorno: nuestros padres, nuestros compañeros de clase, profesores, amigos... Esta forma de dar a conocer nuestros resultados no es nueva; ejemplo de ello lo tenéis en los blog de proyectos anteriores, que podéis visitar en estos enlaces: 

https://sites.google.com/view/caosdna/home El DNA 4 letras muy informativas; 
https://eez-crispr.blogspot.com ¿El genoma de mi bacteria posee elementos CRISPR?;

http://eezbioinformatica.blogspot.com/ Descubriendo nuevas especies a través de la bioinformática; 

En la sección de recursos se encuentran los artículos correspondientes a los trabajos realizados en las ediciones precedentes. En ellos se puede comprobar como nuestros proyectos anteriores han sido todos factibles y llevados a buen puerto, como así ha de ser en este nuevo.

Y ya nada más que pedir vuestra colaboración también en este, nuestro blog. Pero no solo con vuestras aportaciones, sino con las de todos aquellos a los que podamos hacer partícipes de nuestras investigaciones. Seguro que ellos también pueden añadir comentarios interesantes que dinamicen nuestro blog. 

Y por ahora nada más. Ánimo, entre todos vamos a hacer un gran proyecto.

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain