El manejo del clone manager (II)

El Jueves 2 de Diciembre recordamos donde estábamos y conocimos nuevas herramientas del clone manager, a saber:

(1) La herramienta Open Reading Frame – ORF search que busca bajo una serie de premisas todos los marcos abiertos de lectura que se encuentran en una molécula de ADN dada.

Figura 1: La herramienta ORFsearch encuentra y “anota” cada una de las posibles proteínas (ristras de aminoácidos: m,t,h,l, … hasta 20 letras) presentes en una secuencia de ADN (g,a,t,c, …).

(2) La herramienta “translate”, nos permite obtener la secuencia de esas “ristras de aminoácidos”, o sea la secuencia de una proteína, o sea la secuencia de un determinado gen.

Figura 2: La herramienta translate nos “traduce” el DNA a proteína.

      Y como ya sabemos, los marcos abiertos de lectura - ORFs (las proteínas ) pueden tener dos orientaciones en el DNA:  dirección izda a derecha (en la cadena de arriba) y dirección de derecha a izda (en la cadena de abajo).

Fig. 3 El gen 1 (amarillo) codifica una proteína dirección aguas abajo del DNA (ATG….) y el gen 2 (azul) codifica la proteína en dirección aguas arriba (…CAT).

(3) La herramienta align. Y las diferencias entre alinear una secuencia de nucleótidos y una secuencia de proteínas:

Fig. 4: El alineamiento con las 20 letras de los aminoácidos es siempre más informativo que cuando se comparan las 4 letras de toda secuencia de DNA. 

Y por último también vislumbramos que características van a tener los DNAs que vamos a analizar, un grupo muy particular de ‘retrones’, que ya sabemos lo que son ¿¿¿ o no????

Figura 5: Aprendiendo cómo vamos a identificar las proteínas presentes en los retrones del tipo III_A3.

¡¡¡¡Ya conocemos la base de nuestro trabajo!!!!

¡¡¡¡Sin prisa pero sin pausa !!!!

*En el correo tenéis un enlace con la grabación correspondiente a este día.

¡¡¡¡Ánimo chicas!!! Nos estamos convirtiendo en expertas rastreadores de secuencias de DNA!!!!