La sesión del pasado Miércoles 26 no dejó de ser una reunión “extraña”. Paco, nuestro investigador se empeñó en que entendiéramos la Biología escondida que hay detrás de lo que estamos haciendo y lo que nos queda por hacer…
De nuevo ha hecho hincapié en que debemos de tener muy bien identificados la proteína efectora (PrtAse-WH) y la Reverso Transcriptasa (RT) de cada uno de nuestros sistemas. Esa identificación nos debe permitir ordenarlas en una “matriz de distancias” que nos va a permitir ponernos en la tarea de encontrar el “retrón escondido” en nuestras secuencias.
Lo habíamos hecho pero incluyendo en todas las comparaciones la 1352 (ver Figura 1). Esto lo que hacía era perder información entre la distancia y/o parecido de nuestras secuencias en cada grupo.
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| Figura 1: Ejemplo de la comparativa del grupo B realizada por las alumnas, en la que se ha incluido nuestra secuencia “modelo” la 1352. |
Lo debemos de repetir y ordenar todos contra todos cada uno de los grupos con objeto de tener la “mejor comparativa ordenada”. Esto es una matriz de distancias.
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| Figura 2: Ejemplo de la matriz de distancias a llevar a cabo en cada grupo. Debe de haber cierto paralelismo entra ambas comparativas la de la RT y la de la proteína efectora (la PRTase_WH). |
Esto nos pondrá un orden preferente para alinear de cada una de las entradas la región intergénica entre nuestros dos marcos abiertos de lectura (donde presumiblemente debemos de encontrar la estructura del retrón… .
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| Figura 3: Esa estructura deberá estar “escondida” en la secuencia de nucleótidos entre los dos marcos abiertos de lectura. |
Para ello debemos seleccionar en cada entrada (1325, 1326, ….) Una sección de secuencia que contenga sólo 25 nt del final de la ORF (correspondiente al efector y 25 nucleótidos del principio de la RT. Y llevar a cabo los alineamientos que nos permitirán inferir la existencia de una estructura secundaria que definirá el retrón (Figura 4).
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| Figura 4: Ejemplo de los alineamientos que deberemos de llevar a cabo para empezar a definir el retrón en cada uno de los subgrupos (A-D). |
Quizás, un buen comienzo podría ser el encontrar inicialmente las dos ‘G’ críticas en la función de todo retrón.
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| Figura 5: Ejemplo de lo que debemos encontrar, primeramente. |
Que como vemos no es como buscar una aguja en un pajar pero se parece bastante.
Para ello, vamos a utilizar una herramienta online desarrollada por la Universidad de Viena en Austria (http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi) que nos dará la estructura “secundaria” de todo ácido Nucleico.
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| Figura 6: El plegamiento de los acidos nucleicos está en la base de la función de todo retrón. |
Ánimo!!!!!
Hip, Hip, Hurra!!!
La reunión también ha sido muy esclarecedora. Las chicas han hecho una gran labor comparando las secuencias. Ahora toca comparar las secuencias intergénicas y ver si tienen forma de retrón. Espero la próxima reunión expectante. Ya no me quedan uñas.
ResponderEliminarAunque las cosas se van complicando, ¡cada vez se ponen más interesantes!
ResponderEliminar¡Cada vez aprendemos cosas más interesantes!
ResponderEliminarHola a las dos:
ResponderEliminarRecientemente os habeis puesto en la tarea asignada de manera muy aplicada y me habeis escrito esto:
"Buenos días Paco,
Hemos hecho una matriz en una hoja de cálculo con el porcentaje de match entre cada grupo de secuencias. Esta es la de las efectoras (enlace) y esta es la de las RT (enlace)
En las columnas están las secuencias que hemos usado como referencia. Hemos apuntado el porcentaje de match que tenía cada una y después hemos hecho el promedio para saber cuál era la secuencia de referencia que tenía más match con las demás. El problema es que en teoría nos debería salir la misma en los efectores y en los RT, pero nos dan distintas. Además, en la matriz de los RT nos ha salido que la de referencia del grupo A es la 1359, cuando en realidad se supone que debería salirnos la 1352.
No sabemos cómo continuar, ahora deberíamos recortar la región intergénica y alinearlas según los resultados de la matriz, pero por los resultados que hemos obtenido, pensamos que algo hemos hecho mal.
Aún así, hemos hecho el alignment de cada grupo según los resultados de la matriz. El alignment de los RT del grupo A lo hemos hecho usando de referencia la secuencia 1359, pero también hemos hecho otro usando como referencia la 1352, ya que en teoría es la de referencia. Están todos adjuntados a este correo.
Un saludo,
Celia y Emma."
Respecto a lo que comentais, deciros que las comparativas son correctas. No tienen que coincidir completamente la parte efectora con las RTs aunque sí deben ser similares. Por otro lado, tener una secuencia como referencia la 1352 en este caso, no significa que sea la que muestra en el conjunto mayor parecido y por tanto que sea la secuencia "nucleante". Lo que habeis hecho, las matrices, ya determinan el orden de cómo deben de quedar los alineamientos. En caso de ambigüedad, debemos de guiarnos según el mejor alineamiento de las RTs... . Nosqueda entonces, alinear las regiones intergénicas según las matrices conseguidas de mayor a menor parecido de las RTs
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