Nuestra reunión antes de Navidad

El pasado 20 de Diciembre tuvimos nuestra última reunión del año (que no la última del proyecto… jejeje).

En ella, vuestros padres conocieron donde andáis ya metidas. Creo que será bueno que también nos sigan en nuestro blog, verdad???

Tras una breve introducción de nuestro centro de investigación y los distintos proyectos caos de este año, de una manera somera les expliqué hasta donde queríamos llegar…

Figura resumen del artículo que nos servirá como modelo a seguir en el análisis de nuestras secuencias… .
Y es que el proyecto ya va cobrando forma. Es más ya sabemos que vamos a estudiar un grupo particular de retrones para los que todavía no hay una forma de RNA identificada (en recursos se ha subido la presentación correspondiente a este día). Y por tanto nuestro análisis permitirá validar su posible función biológica.

Figura 2: Arbol filogenético con todos los tipos de retrones que existen en la naturaleza. Se señalan las 143 secuencias sobre las que echaremos un ojo que representan a los retrones del tipo III-A3.

De momento tenemos como tarea el análisis de un subgrupo muy particular de retrones que hemos denominado como subgrupo A, correspondiente a 5 regiones del genoma de estas 5 bacterias (species strain en la tabla)

 

Tabla I de trabajo: entradas de secuencias correspondientes al subgrupo A.

 

En estas entradas deberemos ser capaces de:

-Identificar la unidad y conocer en lo que estamos trabajando.

-Usar nuestro sistema modelo (la referencia en rojo de la tabla) como referencia de identificación.

-Aprenderemos a Anotar los genes

-Identificar todos los locis…, de momento 5.

Y me consta que ya le habéis echado un ojo!!!!! 

 

Noticias que nos afectan

El pasado 2 de diciembre salió publicado en la prensa un análisis de la importancia de la secuenciación masiva en la pandemia que venimos sufriendo.

https://elpais.com/tecnologia/2021-12-02/las-nuevas-armas-genomicas-contra-la-variante-omicron-eso-tambien-es-tecnologia.html

Si podéis acceder a la noticia os recomiendo su lectura en detalle. Está llena de guiños sobre lo que pretendemos hacer y que deriva entre otras cosas de la cantidad de secuencias de DNA (las famosas letras GATC) vertidas a las bases de datos que es nuestra fuente de trabajo. 

La secuenciación del ADN actual está en la base del conocimiento y desarrollo de herramientas frente a este virus. Como ejemplo en Dinamarca – uno de los países de referencia en el COVID-  se analizan semanalmente 10.000 secuencias nuevas del virus. Esto sí que es un seguimiento a tiempo real, verdad??

La facilidad de la secuenciación actual ha sido la base de la detección (PCR) de la generación de vacunas (RNA), etc…

Hasta sería interesante que pudiéramos comentar un día de este tipo de noticias, aunque, a lo mejor ya lo haceis en clase…

Saludos 

DNA team!!!!

El manejo del clone manager (II)

El Jueves 2 de Diciembre recordamos donde estábamos y conocimos nuevas herramientas del clone manager, a saber:

(1) La herramienta Open Reading Frame – ORF search que busca bajo una serie de premisas todos los marcos abiertos de lectura que se encuentran en una molécula de ADN dada.

Figura 1: La herramienta ORFsearch encuentra y “anota” cada una de las posibles proteínas (ristras de aminoácidos: m,t,h,l, … hasta 20 letras) presentes en una secuencia de ADN (g,a,t,c, …).

(2) La herramienta “translate”, nos permite obtener la secuencia de esas “ristras de aminoácidos”, o sea la secuencia de una proteína, o sea la secuencia de un determinado gen.

Figura 2: La herramienta translate nos “traduce” el DNA a proteína.

      Y como ya sabemos, los marcos abiertos de lectura - ORFs (las proteínas ) pueden tener dos orientaciones en el DNA:  dirección izda a derecha (en la cadena de arriba) y dirección de derecha a izda (en la cadena de abajo).

Fig. 3 El gen 1 (amarillo) codifica una proteína dirección aguas abajo del DNA (ATG….) y el gen 2 (azul) codifica la proteína en dirección aguas arriba (…CAT).

(3) La herramienta align. Y las diferencias entre alinear una secuencia de nucleótidos y una secuencia de proteínas:

Fig. 4: El alineamiento con las 20 letras de los aminoácidos es siempre más informativo que cuando se comparan las 4 letras de toda secuencia de DNA. 

Y por último también vislumbramos que características van a tener los DNAs que vamos a analizar, un grupo muy particular de ‘retrones’, que ya sabemos lo que son ¿¿¿ o no????

Figura 5: Aprendiendo cómo vamos a identificar las proteínas presentes en los retrones del tipo III_A3.

¡¡¡¡Ya conocemos la base de nuestro trabajo!!!!

¡¡¡¡Sin prisa pero sin pausa !!!!

*En el correo tenéis un enlace con la grabación correspondiente a este día.

¡¡¡¡Ánimo chicas!!! Nos estamos convirtiendo en expertas rastreadores de secuencias de DNA!!!!