Enfrentandonos a “nuestros” retrones

Ya estamos viendo que identificar retrones no es una tarea sencilla, verdad???

Efectivamente, si miráis en detalle lo que se ha querido decir en la figura 1 de la entrada del Martes 22 de Febrero del blog se observa que la identificación de un retrón no es sólo obtener la estructura predicha en el RNA fold, sino que es todo un conjunto de evidencias. A saber: 

• Debe existir una interacción a modo de cremallera: principio y final, a2-a1

• Debe existir un cierto grado de conservación de nuestras secuencias (alrededor del 80% o superior).

• Debe existir tras la cremallera a1-a2 las famosas dos Gs, generalmente desapareadas y críticas en la formación del cDNA del retrón.

• El cDNA del retrón (principalmente b1 y b2) se debe de formar en una región muy estructurada (un brazo largo).

Por todo ello, a la hora de enfrentarse a la estructura del retron de un locus concreto se debe de actuar de la siguiente manera:

La estructura que manda es la de la secuencia consenso. Por tanto:

a. sale parecida al consenso. Lo usamos de estrategia para definir las distintas partes del retrón.

b. No sale como el consenso, pues usamos los alineamientos para definir las distintas partes del retrón. Y una vez identificadas, subdividimos las distintas partes para saber si interaccionan… .

Para que todo sea más sencillo, conviene que alineemos las 7 secuencias de los retrones usando la consenso como referencia. (en el documento de texto adjunto os envio las secuencias para que las alineis). Y uséis el formato viena de la consenso para definir la estructura.
Os propongo que identifiquéis en base a esta figura todas las partes del retrón en cada locus (y lo anotéis en el clone manager).

Figura 1: Alineamiento de los 7 locus del grupo D. El formato viena está basado en la consenso y define los distintos dominios de interacción. Donde están las Gs?, donde está la cremallera a2 y a1, donde la b2 y b1. Donde empieza y donde presumiblemente acaba el retron cDNA??? – echad un vistazo a las entradas previas.

Y ese final que parece que nunca llega!!!!, llegará, llegará ya veréis.