En nuestra última sesión entendimos cómo contar lo que estamos haciendo. Vamos!!! Lo que hemos hecho.
Y es que, si analizamos nuestro recorrido, vemos que hemos ido
reduciendo (afinando) nuestra mirada.
Empezamos con …
1) Vamos a trabajar con “retrones”, identificarlos… Pero…
no todos, ya que hay grupos donde no hay descrito ningún ejemplo. Por tanto nos hemos centrado en un grupo nuevo muy concreto:
2) los III-A3 que se caracterizan por tener esta estructura de dos genes:
La RT y una proteína efectora la PRTase-WH.
3) Tenemos inicialmente 143 candidatos, pero … ¿¿vamos a trabajar en todos???, no. Solo en 4 grupos (A-D) semejantes entre sí pero suficientemente distintos. Grupos que nos permiten entender el grado de conservación entre los dos genes y observar que evolucionan de manera paralela: las distancias entre ellos son semejantes… (nuestras matrices…).
Y por último nos hemos metido en la tarea de describir la estructura del msDNA que se encuentra en la región intergénica de cada locus…
Tras varias comparativas nos hemos quedado con el grupo D que ejemplifica mejor la búsqueda del retrón característico del grupo III-A3.
Y, Ya tenemos nuestra primera churriestructura, la del retrón 1340 encontrado en el genoma de un aislado de la especie Pseudomonas aeruginosa.
Se trata de que al final dibujemos la estructura del retrón 1340 y le pongamos nombre!!!!
Importante ya entendemos la direccionalidad de cada una de las hebras del retrón (la direccionalidad 5’ y 3’).
Vamos que ya sí se ve nuestro final!!!!
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