Y nos vamos de fallas!!!!!

El pasado Viernes tuvimos una nueva sesión de trabajo. Confiemos en que sea ya de las últimas. De hecho se tomaron decisiones importantes.

Tras varios intentos de determinar distintas estructuras en los 4 grupos de genes correspondientes a ejemplos de sistemas III-A3 de retrones: A-D, hemos comprobado que el que mejor ejemplifica las estructuras de este grupo son los 7 representantes del grupo D:

Tabla 1: representando los locus que vamos a mostrar completos y sus microorganismos de procedencia

En resumen, tenemos que identificar para cada uno de los locus del tipo D su “retron”, Para ello debemos de hacer dos cosas:

(i) estructura en el clon manager, (para hacerlo debemos tener en cuenta el formato viena para cada locus y el consenso tb. Una vez teniendo claro el RNA estructurado que se forma debemos de deducir donde empieza y acaba el cDNA del retrón.

Figura 2: Ejemplo Anotación en el clon manager de algunas de las distintas partes del retrón (msRNA ó ncRNA, a2, a1, b2, b1, cDNA (retrón propiamente dicho).

Que mirado en esquema sería algo así:

Figura 3: Esquema lineal de las distintas partes anotadas

Que recuerda y mucho a lo publicado en el artículo ejemplo de recursos… (https://drive.google.com/file/d/1daXnOuomfPEV8rVBwfp7FAIe0seOmUZf/view).

(ii) Por otro lado y como os dije se trataría de realizar la figura de cómo queda el retrón completo y estructurado, que finalmente debemos de ponerle nombre.

Para ello, necesitamos la secuencia intergénica específica de cada locus, el formato viena estructurado (consenso) y particular. Si no coinciden tendremos que hacer caso del consenso… 

Figura 4: Formato viena de la estructura que resulta del alineamiento general (consenso) y del retrón 1337. Hay que observar que aunque las estructuras se parecen  mucho no son idénticas.

Ya tenemos un norte sobre el que definir y terminar nuestro trabajo que no era otro que definir y caracterizar los retrones de los sistemas III-A3.

Figura 5: Fijándonos en la secuencia específica y girando las estructuras debemos de “dibujar” el retrón resultante de los locus: 1337-1342.

Ánimo, que hasta nos da tiempo a ir de fallas!!!