jueves, 23 de diciembre de 2021

Nuestra reunión antes de Navidad

El pasado 20 de Diciembre tuvimos nuestra última reunión del año (que no la última del proyecto… jejeje).

En ella, vuestros padres conocieron donde andáis ya metidas. Creo que será bueno que también nos sigan en nuestro blog, verdad???

Tras una breve introducción de nuestro centro de investigación y los distintos proyectos caos de este año, de una manera somera les expliqué hasta donde queríamos llegar…

Figura resumen del artículo que nos servirá como modelo a seguir en el análisis de nuestras secuencias… .
Y es que el proyecto ya va cobrando forma. Es más ya sabemos que vamos a estudiar un grupo particular de retrones para los que todavía no hay una forma de RNA identificada (en recursos se ha subido la presentación correspondiente a este día). Y por tanto nuestro análisis permitirá validar su posible función biológica.

Figura 2: Arbol filogenético con todos los tipos de retrones que existen en la naturaleza. Se señalan las 143 secuencias sobre las que echaremos un ojo que representan a los retrones del tipo III-A3.


De momento tenemos como tarea el análisis de un subgrupo muy particular de retrones que hemos denominado como subgrupo A, correspondiente a 5 regiones del genoma de estas 5 bacterias (species strain en la tabla)

 
Tabla I de trabajo: entradas de secuencias correspondientes al subgrupo A.
 
En estas entradas deberemos ser capaces de:
-Identificar la unidad y conocer en lo que estamos trabajando.
-Usar nuestro sistema modelo (la referencia en rojo de la tabla) como referencia de identificación.
-Aprenderemos a Anotar los genes
-Identificar todos los locis…, de momento 5.

Y me consta que ya le habéis echado un ojo!!!!! 


 

lunes, 13 de diciembre de 2021

Noticias que nos afectan

El pasado 2 de diciembre salió publicado en la prensa un análisis de la importancia de la secuenciación masiva en la pandemia que venimos sufriendo.

https://elpais.com/tecnologia/2021-12-02/las-nuevas-armas-genomicas-contra-la-variante-omicron-eso-tambien-es-tecnologia.html

Si podéis acceder a la noticia os recomiendo su lectura en detalle. Está llena de guiños sobre lo que pretendemos hacer y que deriva entre otras cosas de la cantidad de secuencias de DNA (las famosas letras GATC) vertidas a las bases de datos que es nuestra fuente de trabajo. 

La secuenciación del ADN actual está en la base del conocimiento y desarrollo de herramientas frente a este virus. Como ejemplo en Dinamarca – uno de los países de referencia en el COVID-  se analizan semanalmente 10.000 secuencias nuevas del virus. Esto sí que es un seguimiento a tiempo real, verdad??

La facilidad de la secuenciación actual ha sido la base de la detección (PCR) de la generación de vacunas (RNA), etc…

Hasta sería interesante que pudiéramos comentar un día de este tipo de noticias, aunque, a lo mejor ya lo haceis en clase…

Saludos 

DNA team!!!!

viernes, 3 de diciembre de 2021

El manejo del clone manager (II)

El Jueves 2 de Diciembre recordamos donde estábamos y conocimos nuevas herramientas del clone manager, a saber:

(1) La herramienta Open Reading Frame – ORF search que busca bajo una serie de premisas todos los marcos abiertos de lectura que se encuentran en una molécula de ADN dada.

Figura 1: La herramienta ORFsearch encuentra y “anota” cada una de las posibles proteínas (ristras de aminoácidos: m,t,h,l, … hasta 20 letras) presentes en una secuencia de ADN (g,a,t,c, …).

(2) La herramienta “translate”, nos permite obtener la secuencia de esas “ristras de aminoácidos”, o sea la secuencia de una proteína, o sea la secuencia de un determinado gen.

Figura 2: La herramienta translate nos “traduce” el DNA a proteína.

      Y como ya sabemos, los marcos abiertos de lectura - ORFs (las proteínas ) pueden tener dos orientaciones en el DNA:  dirección izda a derecha (en la cadena de arriba) y dirección de derecha a izda (en la cadena de abajo).

Fig. 3 El gen 1 (amarillo) codifica una proteína dirección aguas abajo del DNA (ATG….) y el gen 2 (azul) codifica la proteína en dirección aguas arriba (…CAT).


(3) La herramienta align. Y las diferencias entre alinear una secuencia de nucleótidos y una secuencia de proteínas:

Fig. 4: El alineamiento con las 20 letras de los aminoácidos es siempre más informativo que cuando se comparan las 4 letras de toda secuencia de DNA. 

Y por último también vislumbramos que características van a tener los DNAs que vamos a analizar, un grupo muy particular de ‘retrones’, que ya sabemos lo que son ¿¿¿ o no????

Figura 5: Aprendiendo cómo vamos a identificar las proteínas presentes en los retrones del tipo III_A3.

¡¡¡¡Ya conocemos la base de nuestro trabajo!!!!

¡¡¡¡Sin prisa pero sin pausa !!!!

*En el correo tenéis un enlace con la grabación correspondiente a este día.

¡¡¡¡Ánimo chicas!!! Nos estamos convirtiendo en expertas rastreadores de secuencias de DNA!!!!

lunes, 22 de noviembre de 2021

Introduciéndonos en el manejo del clone manager!!!

 El pasado Viernes comenzamos a vislumbrar en lo que va a consistir nuestro proyecto: 

“Analizar y entender la información que “esconde” una secuencia de ADN”. 

Para ello hemos aprendido que el DNA está constituido por dos hebras… esto lo hemos puesto de manifiesto con diversas herramientas del programa…

Fig. 1 Una cadena, versus dos cadenas

Fig. 2 Sentido y antisentido en toda cadena de DNA. EL ADN tiene una dirección 5’ - - - - > 3’


Explicaciones de María a la orientación del DNA "sense vs antisense" 


Fig 3. La herramienta ‘compare’

Y su diferencia con la herramienta ‘align’; La herramienta ORFsearch ….

Ufffffffff!!!! Qué rápido va nuestro investigador!!!!!  

Pero … tranquilas… tenemos todo el tiempo del mundo para practicar …. .

Tendremos nuevas sesiones donde afianzar este manejo… y poco a poco empezar con el análisis de “nuestras secuencias”…

Hip, hip hurra DNA team!!!

De nuevo sería bueno revisar los tutoriales del programa en el blog del año pasado: https://sites.google.com/view/caosdna/recursos/Recursos?authuser=0

Seguro que ahora los entendemos mejor!!!

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain

lunes, 15 de noviembre de 2021

Ya nos conocemos

Hola a todos:

El pasado Jueves 11 de Noviembre tuvimos nuestro “pistoletazo de salida” del proyecto en el que nos vamos a embarcar.

En recursos he subido las dos presentaciones ( 1st day I y 1st day II) que estuvimos debatiendo. Echadles un vistazo para recordar lo que vimos.
Fue sólo una hora, pero que hora más intensa…

Ya estamos preparados para enfrentarnos al clonemanager y empezar a conocer las herramientas que vamos a usar para encontrar la información escondida en toda secuencia de DNA…
Nos queda entre otras cosas entender las preguntas planteadas…
Ya estamos en camino!!!!!

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain

miércoles, 10 de noviembre de 2021

Bienvenida

Estimados participantes en una nueva edición del Proyecto Bioinformático “El ADN, 4 letras muy informativas”. En esta ocasión dedicado a un grupo de lo que se han venido a llamar “Retrones”.

En primer lugar, daros la bienvenida a este nuevo proyecto “on line” en el que se plantean nuevos desafíos. Desafíos que entroncan directamente con una nueva línea de investigación que venimos desarrollando en el grupo desde hace ya unos años (Caracterización de nuevos sistemas de defensa en bacterias asociados a unos genes denominados Reverso transcriptasas; los sistemas DRT (del inglés Defense Reverse Transcriptases Systems) cuenta de Twitter: @TORO_LAB).

Al final de este proyecto deberíamos convertirnos en unos expertos en el manejo de bases de datos e interpretación de la información escondida en las letras ‘GATC’ de toda secuencia de DNA. El objetivo planteado en este proyecto, aún por definir del todo, se entronca en Proyectos de Investigación actuales llevados en el grupo y financiados por el Ministerio de Ciencia e Innovación.

Todos nuestros avances y resultados los iremos plasmando en este blog en el cual también tendremos recursos, enlaces, etc. Todo aquello que nos permita hacer de este proyecto una experiencia de la que nos sintamos muy orgullosos y de la que hagamos partícipes a todo nuestro entorno: nuestros padres, nuestros compañeros de clase, profesores, amigos... Esta forma de dar a conocer nuestros resultados no es nueva; ejemplo de ello lo tenéis en los blog de proyectos anteriores, que podéis visitar en estos enlaces: 

https://sites.google.com/view/caosdna/home El DNA 4 letras muy informativas; 
https://eez-crispr.blogspot.com ¿El genoma de mi bacteria posee elementos CRISPR?;
http://eezbioinformatica.blogspot.com/ Descubriendo nuevas especies a través de la bioinformática; 

En la sección de recursos se encuentran los artículos correspondientes a los trabajos realizados en las ediciones precedentes. En ellos se puede comprobar como nuestros proyectos anteriores han sido todos factibles y llevados a buen puerto, como así ha de ser en este nuevo.

Y ya nada más que pedir vuestra colaboración también en este, nuestro blog. Pero no solo con vuestras aportaciones, sino con las de todos aquellos a los que podamos hacer partícipes de nuestras investigaciones. Seguro que ellos también pueden añadir comentarios interesantes que dinamicen nuestro blog. 

Y por ahora nada más. Ánimo, entre todos vamos a hacer un gran proyecto.

Dr Francisco Martinez-Abarca
Estacion Experimental del Zaidin - CSIC
Department of Microbiology
C/ Profesor Albareda n 1
18008 Granada
Spain

Una nueva sorpresa más!!

Efectivamente, todavía sigue deparando nuevas sorpresas nuestro proyecto de retrones.    El pasado Sábado 11 de Noviembre tuvo lugar la gala...