Vaya porra de reunión!!!

El pasado lunes tuvimos una reunión…. Cómo diría… una reunión de despropósitos…

Lo que tenía que ser una “clase” aclaratoria de conceptos, resultó debido a problemas varios (de Internet pero no sólo) “todo confusión”… Todo???

No, todo no. Descubrimos lo complejo de la labor en la que andamos embarcados… Y es que los programas de plegamiento de los ácidos nucléicos (RNA-fold) no siempre aciertan… . Y es que Paco nos explicó que el plegamiento final de un ARN depende tb de interacciones con otras proteínas, presencia de iones, conocimiento de otras estructuras parecidas, etc. Sin embargo, los “algoritmos” de plegamiento de los ordenadores se basan exclusivamente en encontrar el plegamiento “energéticamente más estable” para una determinada secuencia. Y por tanto a veces hay que corregirlo…

Pero corregirlo … cómo???

Para que entendamos a lo que me refiero debemos de adentrarnos en todas las estructuras de las secuencias del grupo D. Debemos de analizar… cual es la estructura que sale con cada una de las secuencias y compararla con la estructura que muestra cuando subimos el alineamiento (examinad vuestras notas) y enviadme los pantallazos correspondientes.

Que nos sale??? Que estructura nos da la secuencia 1341?? Que nos da cuando subimos todo el alineamiento 1342-1336 ¿?. (mirad la figura 1).

 

 

Figura 1: A estructura de la secuencia 1341 frente a B la de todo el alineamiento 1336-1342. Las flechas rojas indican la posición - probable en B, mal predicha en A - de las famosas dos “G”s que definen el comienzo del cDNA (ADN complementario del retrón).

Si logramos entender lo que sucede … ya estamos muy cerca de nuestro objetivo!!!

Para ello os aconsejo que miréis la nomenclatura viena de ambas secuencias… Observareis que en el caso B es fácil encontrar las Gs de nuestro retron y menos fácil (imposible) en el caso de la 1341 aislada

Esta es la base de nuestra manera de enfrentarnos al problema de corregir los plegamientos. Y entender lo que pretendemos en nuestro trabajo.

Para corregirlo es super importante que entendamos la “nomenclatura Viena”. Que no es otra que una nomenclatura que predice las interacciones de bases en una molécula de RNA a base de “.” : no interacción y paréntesis”(   )” : interacción.

Figura 2: Nomenclatura Viena ejemplo.

Y usar un programa (gratuito) para visualizar de estructuras. El programa es VARNAv3-93.jar nos lo podemos descargar desde: http://varna.lri.fr/index.php?lang=en&page=downloads&css=varna 


 

Este programa nos permite proponer una determinada interacción, aunque ésta no haya sido predicha por los algoritmos de RNAfold.

Figura 4: Visualización de estructuras con el programa VARNAv3-93

El próximo día entenderemos como manejarla… . Aunque a lo mejor ya podeis ir haciendo probatinas… .

Aunque no lo parezca estamos ya muy cerca de alcanzar nuestro objetivo…

Jo!!!! Que dura es la ciencia!!!

Ya aparecen estructuras!!!

En la última sesión (el pasado Viernes 11 Febrero), descubrimos como se puede inferir la presencia de los retrones en nuestras secuencias de Clone Manager.

Claro que para ello, tenemos que tener claro cómo se forman este tipo de estructuras (Figura 1).

Figura 1: Esquema de los distintos pasos que tienen lugar para la formación de la molécula hibrida DNA-RNA que constituye el retrón.

Paco (nuestro investigador) nos puso que analizáramos el ejemplo del Grupo D.

Figura 2: El grupo D consistía en 7 locus (1336-1342) ordenadas según la matriz comparativa elaborada por las alumnas.

El alineamiento de las zonas intergénicas de las 7 secuencias ordenado de mayor a menor resultó ser muy informativo para determinar el grado de conservación de esta zona.

Figura 3: Alineamiento de las regiones intergenicas entre los genes efector y RTs de las secuencias 1337-1342 del grupo D 

Guardando este alineamiento desde el clone-manager como documento “.align” conseguimos disponer de la secuencia consenso de todos los alineamientos que nos permitirá obtener una posible estructura secundaria común a los 7 loci usando la aplicación http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAalifold.cgi . 

El resultado es una estructura que recuerda y mucho a la esperada:

Figura 4: (A) la estructura consenso esperada (B) la estructura determinada para el msRNA codificante del retrón del grupo D de nuestras secuencias.

Esta estructura tiene a su vez el formato Viena; formato lineal donde se señalan las interacciones mediante códigos de paréntesis sobre la secuencia. 

Figura 5: La nomenclatura Viena de nuestra secuencia es indicativa de las interacciones del RNA “escondidas” en nuestra estructura.

Esa nomenclatura nos permitirá encontrar “inicialmente las dos Guaninas (‘G’s, branching y opposing) como base primera de determinar la estructura de nuestro retrón…

Figura 6: Localización de las Gs críticas en el grupo D de secuencias. 

Y claro, Paco quiere que para cada uno de los grupos seamos capaces de realizar una figura tal que así:

Que será nuestro primer paso para habiendo deducido la estructura secundaria (folding) de nuestro msRNA describir con todo detalle cada uno de nuestros retrones, que ya sabemos que son moléculas híbridas DNA-RNA.

¡¡¡¡¡¡Ya tenemos nuestro trabajo casi finalizado!!!!!

Hip, Hip, Hurra!!!